Am 2. Juli 1842 gründeten Studenten eine neue Verbindung mit dem Namen Germania; diese stand ganz im Zeichen des Progress. Germania war zu dieser Zeit in Würzburg die einzige Verbindung neben den Corps. Weitere Gründungen von Nichtcorpsverbindungen erfolgten erst ab März 1848. Zur körperlichen Ertüchtigung ihrer Mitglieder betrieb die Verbindung zeitweise (1845–1852) einen eigenen Turnplatz, der auch anderen Studenten offenstand. An den Ereignissen der Jahre 1848/1849 hatte die Verbindung regen Anteil; insbesondere nahmen sämtliche in Würzburg befindlichen Mitglieder am Auszug der Würzburger Studentenschaft nach Wertheim (20.- 26. Mai 1849) teil. Im Mai 1848 erhielt die ‚Studentengesellschaft Germania‘ die Genehmigung durch das Bayerische Innenministerium und am 9. August 1848 wurden erstmals die nun genehmigten Farben „schwarz-gold-hellblau“ angelegt.
Nachdem 1853 durch erheblichen Rückgang der Mitgliederzahlen die ersten Schwierigkeiten im Verbindungsleben aufkamen, musste die Germania im Mai 1856 wegen innerer Zwistigkeiten und Mangels an Mitgliedern suspendieren.
1865 fand eine im Vorjahr (25. Mai 1864) gegründete Verbindung namens „Union“ Anschluss an das Philisterium der Germania und übernahm zunächst deren Namen, 1866 auch deren Farben. 1874/1875 musste auch sie aufgrund fehlenden Nachwuchses aufgelöst werden.
Anfang der 1880er Jahre entstand eine lose Tischgesellschaft, welche sich den Namen „Corona“ gab. Deren Mitglieder rekonstituierten am 30. November 1886 die Studentenverbindung Germania. Die Mitglieder aus den Zeiträumen 1842 bis 1857 und 1865 bis 1875 schlossen sich der rekonstituierten Verbindung großenteils an; im Januar 1887 wurde von diesen die Verschmelzung beschlossen. Ein offizieller Rekonstitutionskommers wurde am 13. Juni 1887 gefeiert.
Diese Germania war nichtfarbentragend und bekannte sich im Gegensatz zu ihren Vorgängerinnen faktisch zum Grundsatz der unbedingten Satisfaktion mit der Waffe. Diese Grundsatzänderung in Verbindung mit der inzwischen verschärften Haltung der katholischen Kirche zu Duell und Mensur dürfte der Grund für den Umstand sein, dass sich nur wenige der in der Germania von 1842 zahlreichen katholischen Theologen der rekonstituierten Verbindung anschlossen. Bestimmungsmensuren wurden zu dieser Zeit nicht geschlagen.
Im Wintersemester 1895/96 bereitete die Aktivitas durch eine Befragung der Alten Herren sowie Fühlungnahme mit der Burschenschaft Arminia die Umwandlung der Verbindung in eine Burschenschaft vor. Nach einer abendlichen Farbenkneipe am 29. Februar 1896 führte Germania noch als „Studentenverbindung“ ab 1. März 1896 das öffentliche Farbentragen wieder ein. Bei der zu Beginn des Sommersemesters 1896 durchgeführten Entréesuite zur Aufnahme in den burschenschaftlichen Waffenring wurden sämtliche Germanen abgestochen. Zum Burschentag 1896 erfolgte die Aufnahme als probende Burschenschaft, im Folgejahr die endgültige Aufnahme in den Allgemeinen Deputierten-Convent.
Im Jahre 1914 erfolgte der Erwerb der Gaststätte Nikolausburg, der Beginn des Ersten Weltkrieges verhinderte jedoch zunächst einen Umbau.
168 Mitglieder der Burschenschaft Germania zogen in den Krieg und 34 starben im Einsatz. Die Wiedereröffnung des studentischen Lebens erfolgte 1919 mit einem Dämmerschoppen aller Würzburger Korporationen. 1928 wurde die zum Germanenheim umgebaute Nikolausburg eingeweiht.
Nach der Machtergreifung begann im Rahmen der Gleichschaltung der Burschenschaften die Eingliederung in den Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbund. 1935 wurden die Burschenschaften in Kameradschaften und die Altherrenschaften in Altkameradschaften umgewandelt. Die weiterhin mitgliederstarke Germania gehörte zu den Verbindungen, welche ohne erzwungene Vereinigung mit einer anderen Korporation einen Kameradschaftsbetrieb unterhalten konnten. Zu diesem Zweck unterstützte der Altherrenverband die Kameradschaft „Gneisenau“. In dieser wurde der Betrieb der Burschenschaft Germania heimlich wieder aufgenommen und es wurden weiterhin Mensuren gefochten.
Durch den Bombenangriff auf Würzburg am 16. März 1945 wurde auch das Germanenhaus zum großen Teil zerstört. 32 Germanen fielen während des Krieges, fünf weitere wurden als vermisst gemeldet.
Nach dem Krieg erfolgte 1947 der Lizenzierungsantrag des Vereins Germanenheim e. V. an die amerikanische Militärregierung. 1948 wurde der Altherrenverband der Germania in München neu gegründet, 1949 kam es zur Wiedergründung der Aktivitas in Würzburg.
Im Jahr 1951 begann die Verbindung mit dem Wiederaufbau des durch Brandbomben zerstörten Germanenheims. Zur gleichen Zeit hob der Senat der Universität Würzburg das Verbot des öffentlichen Farbentragens auf. Im Sommer 1956 konnten die Germanen im Rahmen eines Stiftungsfestes den Abschluss der Baumaßnahmen an dem elf Jahre zuvor zerstörten Haus feiern und die neugestalteten Räume beziehen.
1951 untersuchte der Germane Franz Ringler auf der Grundlage der ihm damals zur Verfügung stehenden Erkenntnisse mögliche Zusammenhänge zwischen der 1842 gegründeten Fortschrittsverbindung und der neun Jahre zuvor unterdrückten Burschenschaft. Hierbei kam er auf der Grundlage von (zum Teil später widerlegten) Erinnerungen von Angehörigen der alten Germania von 1842 und einem Vergleich der Symbole zu dem Ergebnis, dass die 1842 gegründete Verbindung als heimliche Fortsetzung der Burschenschaft angesehen werden könne. Die Forschungsergebnisse ihres Mitglieds nahm die Burschenschaft zum Anlass, das Stiftungsfest 1953 als 135./111. Stiftungsfest zu feiern.
Auch nach dem Zweiten Weltkrieg erstarkte Germania wieder und bildete eine der mitgliederstarken Verbindungen in der Deutschen Burschenschaft. Dies ermöglichte der Burschenschaft die Unterstützung auswärtiger Burschenschaften bei deren Wiederaufbau.
An der Pflichtmensur hielt Germania für sich auch während der siebziger und achtziger Jahre fest und forderte deren Bewahrung bzw. Wiedereinführung als Verbandsprinzip, ohne hiervon den Verbleib im Verband Deutsche Burschenschaft abhängig zu machen.
Am 11. Oktober 2008 trat die Burschenschaft Germania nach 112 Jahren Mitgliedschaft aus der Deutschen Burschenschaft aus.
Nach dem Austritt aus der Deutschen Burschenschaft traten mehrere Burschen und Alte Herren aus der Germania aus und gründeten am 18. Januar 2009 die „Würzburger Burschenschaft Libertas“, die am 12. Dezember 2009 mit der Burschenschaft Teutonia Prag fusionierte.
