Am 27. Juni 1818 erfolgte die Gründung der ersten Würzburger Burschenschaft unter maßgeblicher Beteiligung von Gottfried Eisenmann. Nur drei Jahre später zählten unsere Vorgänger 401 Mitglieder, bei einer Gesamtzahl von 600 Würzburger Studenten. Robert von Mohl hat seine Eindrücke über die damalige Germania wie folgt verfasst: „In Würzburg fanden wir die Burschenschaft sehr in Blüte; sie war die wesentlich vornehmere Verbindung und der ganze bayerische Adel bei ihr beteiligt.“
Während der Vormärzzeit traten die Germanen am lebhaftesten innerhalb der Allgemeinen Deutschen Burschenschaft für die Unterstützung des Preßvereins ein, der sich die Erlangung der Pressefreiheit sowie die Vereinigung aller Staaten des deutschen Sprachraums zum Ziele gesetzt hatte.
Am 9. August 1848 einigte man sich auf die Farben „schwarz-gold-blau“ als äußeres Zeichen unserer inneren Verbundenheit.
Im Jahre 1914 erfolgte der Erwerb der Gaststätte Nikolausburg, unser heutiges Germanenheim. In den Schrecken des Ersten Weltkrieges verloren 36 Germanen ihr Leben. Erst 1919 feierten alle Würzburger Korporationen mit einem Dämmerschoppen die Wideraufnahme ihres studentischen Betriebs. Im Jahr 1928 konnte endlich die nunmehr zum Germanenheim umgebaute Nikolausburg eingeweiht werden.
Durch den Bombenangriff auf Würzburg am 16. März 1945 wurde das Germanenheim zum großen Teil zerstört. Circa 32 Germanen fielen während des Zweiten Weltkrieges und fünf weitere gelten bis heute als vermisst.
Im Jahr 1951 begann die Verbindung mit dem Wiederaufbau des durch Brandbomben zerstörten Germanenheims. Im Sommer 1956 konnten wir im Rahmen unseres Stiftungsfestes den Abschluss der Baumaßnahmen feiern und die neugestalteten Räume beziehen.