Nach der förmlichen Auflösung der Landsmannschaft Bavaria am Vortag erfolgte am 27. Juni 1818 die Gründung einer „neuen“ Burschenschaft oder „Germania“ durch deren Mitglieder und burschenschaftlich gesinnte Mitglieder der beiden anderen Landsmannschaften (Franconia, Moenania).
Diese stand einerseits im Gegensatz zu den weiterbestehenden Landsmannschaften Franconia und Moenania, andererseits aber auch zu einer kleineren Gruppe ehemaliger Nichtkorporierter, welche ab Dezember 1817 als Burschenschaft „Teutonia“ auftrat. Erst aufgrund Eingreifens des Burschentags kam es im März 1819 zur Auflösung der Teutonia und zur Übernahme ihrer Mitglieder als Renoncen der Germania.
Im Dezember 1819 musste die Burschenschaft nach dem erfolgreichen Attentat Karl Ludwig Sands gegen August von Kotzebue aufgelöst werden. Es entstanden mehrere lose Vereinigungen, die den Zusammenhalt jedoch aufrechterhalten konnten. Die Auflösung der Burschenschaft führte daneben aber auch zum Austritt eines Teils ehemaliger Angehöriger der Bavaria, welche ihre Verbindung mit Hilfe der anderen Landsmannschaften ebenfalls im Dezember 1819 wieder errichteten.
Im Sommersemester 1820 konnte die Burschenschaft wieder erneuert werden und umfasste zeitweise zwei Drittel der rund 600 Studenten Würzburgs. Robert von Mohl hat seine Eindrücke über die damalige Germania wie folgt verfasst: „In Würzburg fanden wir die Burschenschaft sehr in Blüte; sie war die wesentlich vornehmere Verbindung und der ganze bayerische Adel bei ihr beteiligt.“ Es lässt sich die Zugehörigkeit von 26 fränkischen und bayerischen Adelsgeschlechtern innerhalb der Germania nachweisen. Im Sommer 1824 musste die Burschenschaft abermals aufgelöst werden. Am 13. März 1825 konnte sie wieder aufgemacht werden, wobei sie zunächst den Decknamen Concordia, später (Sommersemester 1826) den Decknamen Amicitia annahm.
Nachdem die Würzburger Burschenschaft beim Bamberger Burschentag im Jahr 1827 mit dem Antrag zunächst noch gescheitert war, gelang es ihr auf dem Burschentag 1831 in Dresden die Formulierung „christlich-deutsch“ innerhalb der Konstitutionen der Burschenschaften in „deutsch“ abzuändern, um auch formal die Aufnahme von Juden zu ermöglichen.
Während der Vormärzzeit traten die Germanen am lebhaftesten innerhalb der Allgemeinen Deutschen Burschenschaft für die Unterstützung des Preßvereins ein, der sich die Erlangung der Pressefreiheit sowie die Vereinigung aller Staaten des deutschen Sprachraums zum Ziele gesetzt hatte. Sie waren es auch, die besonders auf die Abhaltung eines Burschentages 1832 in Stuttgart drängten, auf welchem beschlossen wurde, dass das Ziel der Burschenschaften die Erregung einer Revolution sei und dass sich die Allgemeine Deutsche Burschenschaft dem Preßverein anschließen solle. Folglich waren einige Mitglieder der Burschenschaft Germania im Jahr 1833 maßgeblich am Frankfurter Wachensturm beteiligt, um durch einen Überfall auf die Hauptwache und die Konstablerwache in Frankfurt am Main eine allgemeine Revolution in Deutschland auszulösen.
Infolge des Frankfurter Wachensturms kam es ab April 1833 deutschlandweit zu einer neuen Verfolgungswelle, welche auch die Würzburger Burschenschaft nicht überdauerte. Nach der Auflösung der Würzburger Burschenschaft im Mai 1833 fehlen Hinweise, die auf ein weiteres Fortbestehen hindeuten würden.